「'mastodon:media:remove_remote'なんてタスク知りません～」と言われてたんですけど2.5.0からrakeじゃなくてtootctlになってたらしい！？
https://github.com/tootsuite/mastodon/issues/9192
https://qiita.com/kumasun/items/bf4997f181f893130041
というわけで実行すべきコマンドは
$ sudo docker-compose run --rm web tootctl media remove
だったっぽい